Vesistöjen tyypittely

Jokien tyypittely perustuu valuma-alueen kokoon, vallitsevaan maaperän laatuun (turvemaa tai kangasmaa) sekä maantieteelliseen sijaintiin. Järvien tyypittely perustuu järven pinta-alaan, syvyyssuhteisiin, veden viipymään, valuma-alueen maaperän laatuun (veden humuspitoisuus) ja maantieteelliseen sijaintiin. Suomen tyypittelyjärjestelmässä on jokityyppejä yhteensä 11 ja järvityyppejä 12. Vesistöt arvioidaan myös ekologisen tilansa mukaan erinomaisiin, hyviin, tyydyttäviin, välttäviin, huonoihin ja voimakkaasti muutettuihin tai keinotekoisiin vesistöihin. Luokittelun perusteena ovat kasviplanktonin määrä, piilevät, vesikasvit, pohjaeläimet, kalat, veden laatu sekä hydromorfologiset tekijät. Joensuun alueella suurin osa järvistä ja joista on erityyppisiä humusvesiä ja täten ruskeavetisiä. Ekologinen kokonaistila on useimmissa tapauksissa hyvä.

Vuoksen ja Jänisjoen vesistöt

Joensuun vesistöt kuuluvat Vuoksen (Joensuu, Pyhäselkä, Eno) ja Jänisjoen vesistöihin (Kiihtelysvaara, Tuupovaara). Vuoksen vesistöön kuuluvia, Joensuun ympärillä sijaitsevia suurimpia järviä ovat luoteessa sijaitseva Pyhäselkä, jonka rannalla Joensuun keskusta sijaitsee sekä pohjoisessa Pielinen, jonka rantaa on Enon puolella. Joensuun kaupungin keskustan läpi virtaa Pielisjoki. Marjalan ja Noljakan rajamerkkinä oleva Höytiäisestä lähtevä Höytiäisen kanava laskee myös Pyhäselkään. Joensuusta löytyy myös paljon pienempiä jokia ja puroja: Iiksenvaaran läpi Pielisjokeen virtaa Iiksenjoki ja Noljakan ja Linnunlahden rajapyykkinä on tummavetinen, mutkitteleva Siilaisenpuro. Puro on alueellisesti merkittävä kohde sekä biologisesti että geomorfologisesti. Kohde on myös metsälain mukainen erityisen tärkeä elinympäristö. Sintson lampi Pyhäselässä on seudullisesti arvokas kohde.

Jänisjoen vesistöön kuuluva Jänisjoki virtaa jokireittien keskeisimpään ja suurimpaan Melakko-Loitimo-järveen. Myös Kuuttijoki ja Kotajoki yhtyvät Loitimoon, jonka alapuolinen koskien osuus on erittäin suosittu lohikalojen pyyntijoki. Pulliaisjoki on seudullisesti merkittävä pienvesi Tuupovaarassa, kuten myös Karjanpuro, Iivin laskulammen puro ja lähde, Konttilampi ja Konttipuro, Koirapuro ja Saarilampi sekä Kuikkalampi.