Joensuun kaupunginvaltuustossa on 59 jäsentä. Kaupunginvaltuusto valitsee kaupunginhallituksen, jossa on 11 jäsentä. Kaupunginhallituksen alaisuudessa toimivat osallisuus- ja vetovoimalautakunta (11 jäsentä), Pohjois-Karjalan työllisyysalueen lautakunta (15 jäsentä), omistajaohjausjaosto (viisi jäsentä) sekä henkilöstö- ja työllisyysjaosto (viisi jäsentä).

Hyvinvoinnin toimialan asioista vastaavat kasvatus- ja koulutuslautakunta (11 jäsentä) sekä kulttuuri- ja liikuntalautakunta (11 jäsentä).

Kaupunkiympäristön toimialan asioista vastaavat kaupunkirakennelautakunta (11 jäsentä), rakennus- ja ympäristölautakunta (11 jäsentä) sekä alueellinen jätelautakunta (11 jäsentä). Kaupunkirakennelautakunnan alaisuudessa toimii seudullinen joukkoliikennejaosto (5 jäsentä) ja Joensuun Vesi -liikelaitoksen johtokunta (7 jäsentä).

Lisäksi Joensuussa on keskusvaalilautakunta ja tarkastuslautakunta sekä vanhusneuvosto, vammaisneuvosto ja nuorisovaltuusto.