Yleisiä lajeja

Joensuun seudulla on melko runsas suurpetokanta, mikä johtuu osittain idästä muuttaneista yksilöistä. Pienpedoista minkki ja supikoira ovat nopeasti 1970-luvulta lähtien yleistyneitä lajeja.

Hirvi on yleinen asukki Joensuun metsissä, ja metsäkaurishavaintoja on tehty myös. Kauriita arvioitiin olevan Pohjois-Karjalassa 560 yksilöä vuonna 2012.

Helpoimmin nähtäviä nisäkkäitä ovat pihoilla ja puistoissa viihtyvät siilit, oravat, rusakot ja jänikset. Orava on valittu Kiihtelysvaaran ja sittemmin Joensuun nimikkolajiksi. Kiihtelys on vanha suomalainen oravannahkojen kaupassa ja verotuksessa käytetty määrän yksikkö, 40 oravannahan nippu. Vanha turkisalue Kiihtelysvaara on saanut siitä nimensä.

Joensuussa tavataan myös vedessä viihtyviä nisäkkäitä. Saukko pysyttelee mieluiten vedessä tai sen läheisyydessä. Se voi kuitenkin kulkea suuriakin matkoja maalla, esimerkiksi nälän ajamana. Esimerkiksi ympäri vuoden sulana pysyvä Joensuun kaupunginkoski on tarjonnut saukolle hyvän kala-apajan. Toinen aivan kaupungin liepeiltä havaittava eläin on kanadanmajava, joka on havaittu mm. Siilaisenpurosta ja Varaslammelta. Ainakin Enon Saunalahdessa ja Pielisjoessa on uiskennellut piisami.

Uhanalaisia lajeja

Myös uhanalaisia nisäkkäitä voi havaita Joensuun luonnossa. Erittäin uhanalainen saimaannorppa elelee Pyhäselän vesissä ja uhanalainen liito-orava joissakin Joensuun metsissä. Susi on erittäin uhanalainen suurpeto.