Ehkäpä kaikkein erikoisin matelija on uhanalainen, lähinnä vain Joensuun lammissa elävä ja Joensuun nimikkoeläimeksikin ristitty rupilisko. Joensuussa, esimerkiksi Varaslammella, voidaan bongata myös rupiliskon sukulaislajin vesiliskon. Rupiliskon tapaan laji on rauhoitettu. Uhanalainen se ei kuitenkaan ole.

Myös viitasammakkoa tavataan Joensuun vesistöjen äärellä muun muassa Ukonlahdella sekä Varaslammella. Sen ominaislaatuista pulputtavaa kurnutusta voi kuulla etenkin kutuaikana huhti-toukokuussa. Viitasammakko katsotaan elinvoimaiseksi, mutta on rupiliskon ja vesiliskon tapaan rauhoitettu laji.

Kaikkia edellä mainittuja lajeja uhkaa erityisesti maankäytön toimenpiteet, jotka saattavat kuivattaa ja kadottaa niille etenkin lisääntymisen kannalta elintärkeä lammet ja kosteikot. Näiden elinympäristöjä kuitenkin suojellaan luonnonsuojelulain nojalla, jotta lajien esiintyminen olisi tulevaisuudessakin turvattu.