Ekaluokkalaiset voivat aloittaa koulutiensä kaupungin 21 alakoulussa. Yläkouluopetusta annetaan kaupungin kolmessa yläkoulussa ja neljässä yhtenäiskoulussa. Lisäksi ala- ja yläkouluopetusta antavat Joensuun normaalikoulu, Itä-Suomen suomalais-venäläinen koulu ja Steinerkoulu.