Lyseon lukion yhteistyötoimikunnan toiminnan tarkoituksena on tehdä esityksiä koulun kehittämiseksi, antaa lausuntoja koulua koskevissa asioissa, tukea opiskelijakunnan toimintaa, edistää kouluyhteisössä työskentelevien yhteistyötä sekä edistää lukion ja kodin välistä yhteistyötä. Joensuun lyseon lukion yhteistyötoimikuntaan kuuluvat vanhempien edustajat jokaiselta luokalta, opiskelijakunnan edustajat, opettajakunnan edustajat ja rehtori. Toimikunta kokoontuu neljästi vuodessa.