Itä-Suomen virtuaaliyliopiston toiminnassa keskityttiin teema-alueisiin, jotka ovat tärkeitä virtuaaliyliopistotoimintojen vakiinnuttamisessa yliopistoissa. Verkostoitunut opetus ja tutkimus, asiantuntijuuden jakaminen ja resurssien säästäminen ovat olleet toiminnan keskeisiä vaikuttimia ISVY-yliopistojen yhteistyössä. Reunaehtoina toiminnassa vaikuttivat myös maantieteelliset etäisyydet ja pienet laitosresurssit.

Osaamisen kehittäminen henkilöstökoulutuksella on ollut jatkuvuutta luova tekijä toiminnalle, samoin kuin erityinen panostus laadukkaan verkko-oppimisen kehittämiseen. Verkkokurssien tuottajana ISVY onkin ollut virtuaaliyliopistokonsortiossa eturivissä. Myös kansainvälisyyttä pidettiin ISVY:ssä keskeisenä tavoitteena ja itsestäänselvyytenä.